Podatek może ulec przedawnieniu w określonym terminie wynikającym z przepisów Ordynacji podatkowej. Skutkiem przedawnienia podatku, który w języku prawniczym, nazywany jest zobowiązaniem podatkowym, jest wygaśnięcie zobowiązania podatkowego. Innymi słowy, urząd skarbowy traci możliwość domagania się od podatnika zaległego podatku właśnie z tego powodu, że uległ on przedawnieniu. Ordynacja podatkowa przewiduje dwie odrębne instytucje prawne dotyczące przedawnienia podatku. Pierwsza, z nich to przedawnienie zobowiązania podatkowego, które powstało i istnieje. Drugie, to przedawnienie prawa organu podatkowego do wydania decyzji ustalającej podatek (decyzja konstytutywna).
Przedawnienie zobowiązania podatkowego następuje zawsze na skutek upływu czasu. Termin przedawnienia podatku powstałego z mocy prawa wynosi 5 lat od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Do tego rodzaju zobowiązań podatkowych zaliczyć należy: podatek od towarów i usług (VAT), podatek dochodowy od osób fizycznych (PIT) czy podatek dochodowy od osób prawnych (CIT).
Jeżeli chodzi o przedawnienie prawa do wydania decyzji ustalającej podatek, to termin przedawnienia tego prawa wynosi 3 lata licząc od końca roku kalendarzowego, w którym powstał obowiązek podatkowy. To przedawnienie dotyczyć może np. podatku od nieruchomości wobec osób fizycznych albo zryczałtowanego podatku dochodowego od osób fizycznych z tytułu nieujawnionych źródeł przychodu. Należy zaznaczyć, że Ordynacja podatkowa przewiduje w tych przypadkach 3 letni termin na wydanie oraz doręczenie decyzji, co oznacza, że samo wydanie decyzji przez organ podatkowy w 3 letnim terminie nie będzie wystarczające.
Istotną informacją dla podatników prowadzących działalność gospodarczą jest to, że przedawnieniu podlegają również nadwyżka podatku naliczonego nad należnym podlegająca przeniesieniu na następny okres rozliczeniowy (zwrot pośredni) oraz nadwyżka podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy (zwrot bezpośredni). Jak wynika bowiem z uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 29 czerwca 2009 r., sygn. I FPS 9/08, instytucja przedawnienia ma zastosowanie także do należności z tytułu zwrotu podatku od towarów i usług. Przedawnienie działa więc w dwie strony. Po upływie terminu przedawnienia podatnik traci możliwość skutecznego domagania się od urzędu skarbowego zwrotu podatku VAT, którego do tej pory nie otrzymał, zaś organ podatkowy, traci możliwość skutecznego egzekwowania zapłaty podatku od towarów i usług, który wprawdzie powstał, ale na skutek upływu czasu uległ przedawnieniu.
Podatnicy powinni zwrócić również uwagę na zdarzenia, które powodować mogą zawieszenie albo przerwanie biegu terminu przedawnienia podatku. Najczęściej zdarzeniami tymi są wszczęcie postępowania karnego skarbowego albo dokonanie przez organ egzekucyjny czynności egzekucyjnej, o której podatnik został poinformowany. Skorzystanie z usług profesjonalnych pełnomocników pozwoli na zweryfikowanie czy na dany dzień podatek uległ już przedawnieniu. Adwokat lub radca prawny udadzą się do urzędu i sprawdzą akta sprawy podatkowej właśnie pod kątem zaistnienia zdarzeń powodujących zawieszenie albo przerwanie biegu terminu przedawnienia podatku. Wprawdzie okoliczność przedawnienia zobowiązania podatkowego organ podatkowy powinien brać pod uwagę z urzędu, a nie na wniosek podatnika, jednakże w wielu przypadkach pomimo oczywistego przedawnienia podatku prowadzi on postępowanie podatkowe nadal. Pamiętać należy zatem o tym, że przedawnienie podatku wywołuje dwa skutki. Pierwszy w postaci wygaśnięcia zobowiązania podatkowego, drugi w postaci konieczności umorzenia postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej, jeżeli są prowadzone.
